Udover den berømte basilika er der flere andre hellige og historiske steder, som er værd at besøge, bland andet: Sankt Claras Basilika, hvor man kanse krucifikset, der ifølge legenden talte til Frans af Assisi; Sankt Rufinos Katedral, hvor både Frans og Klara af Assisi blev døbt; byens historiske rådhus; Rocca Maggiore (Fæstningen) og byens gamle mure. Få kilometer fra bymidten kan du desuden tage en smuk gåtur til Eremo delle Carceri (Carceri-klosteret), et fredfyldt og afsidesliggende kloster beliggende på den stejle skråning af bjerget Subasio, hvor Frans af Assisi og hans tilhængere kom for at bede og meditere i ro og stilhed og boede i små, naturlige huler i skoven. I dag består Eremo delle Carceri af et lille kloster, en kirke og de originale huler, som er åbne for besøgende. Omgivelserne er præget af en tæt, gammel skov med ege- og stenegstræer, som skaber en rolig og spirituel atmosfære. Det er et populært sted for både pilgrimme og turister, der søger et øjebliks stilhed og indsigt i Frans af Assisis liv.
Under jorden gemmer Piazza del Comune på andre vidundere. Her findes hjertet af det gamle romerske Asisium. En underjordisk arkæologisk rute fører dig gennem resterne af det gamle forum – romerbyens hovedtorv. Her kan du se originale brolægninger, søjlebaser, rester af offentlige bygninger og en rekonstruktion af, hvordan forummet så ud.
I den nordøstlige del af byen ligger det antikke romerske amfiteater fra det 1. århundrede e.Kr. Den typiske ellipseform er i dag en del af byens boligområde og omdannet til et smukt, grønt område.
